Nadležnost Međunarodnog krivičnog tribunala za bivšu Jugoslaviju (MKTJ) je da postupa u svim slučajevima ratnih zločina koji su se dogodili prostoru bivše SFRJ od 1991. do 1999. godine, bez obzira na državljanstvo žrtve ili počinioca.
Tužilaštvo za ratne zločine Republike Srbije i Tužilaštvo Haškog tribunala razmenjuju podatke i dokumentaciju o zločinima. Na ovaj način, Tužilaštvo za ratne zločine je dolazilo do informacija i podataka koji su bili značajni ne samo kao polazna osnova za usmeravanje istrage već i do podataka kojima se pojedini događaji u znatnoj meri rasvetljavaju. Tužilaštvu Haškog tribunala su po prirodi stvari, bili dostupni dokazi i materijal vezan za njihova istraživanja, jer su istražitelji Haškog tužilaštva na licu mesta, tamo gde su se zločini događali, prikupljali dokaze i obavljali razgovore sa licima koja su bila neposredni svedoci zločina.
Rezultati saradnje sa Tribunalom u Hagu su:
- ustupanje predmeta – iz istrage (Zvornik) i pod optužnicom (Vladimir Kovačević – Rambo, za granatiranje Dubrovnika 1991. godine);
- predlog Karle del Ponte, glavnog tužioca MKTJ Sudskom veću Haškog tribunala da se Tužilaštvu za ratne zločine ustupi predmet ''Vukovarska trojka'' (optuženi Mrkšić, Šljivančanin i Radić);
-postupanja u vezi sa zahtevima za pomoć ;
- sporazum o pristupu Tužilaštva elektronskoj bazi podataka Tribunala (19.07.2006.) - na ovaj način ostvaren je uvid u preko 500.000 dokumenata i izjava svedoka u bazi podataka Tužilaštva MKTJ.
U Izveštaju koji je 10.decembra 2014. godine Glavni tužilac Haškog tribunala Serž Bramerc podneo Savetu bezbednosti UN ističe se da je svakodnevna saradnja država bivše Jugoslavije sa tužilaštvom u Hagu zadovoljila očekivanja. Tužilac Bramerc je ocenio da je neophodno unaprediti saradnju među tužilaštvima za ratne zločine u bivšoj Jugoslaviji o kojoj su potpisani sporazumi koji ''još nisu primenjeni u praksi''. ''Begunci nastavljaju da izbegavaju odgovornost nalaženjem utočišta preko granica. I dok se sudi počiniocima sa nižeg nivoa, neophodan je veći fokus na osumnjičene srednjeg i visokog nivoa'' upozorio je glavni haški tužilac.
U projektu EU-MKTJ ''Nacionalni tužioci u poseti'' tužilački pomoćnici i istražitelji borave u Tužilaštvu Haškog tribunala u okviru Tranzicionog tima. Njihov angažman u svojstvu ''oficira za vezu'' podrazumeva pretrage kroz elektronske baze Tužilaštva MKTJ i konsultacije i sastanke sa tužiocima u cilju pribavljanja podataka i dokumentacije koja se koristi u postupcima koje vodi TRZ u već postojećim predmetima i u predmetima u kojima se očekuje da će biti postupano u narednom periodu.
TRZ je posvećeno daljoj i trajnoj saradnji sa MKTJ korišćenjem materijala iz arhiva Haškog tribunala što je započelo u julu 2006. godine, potpisivanjem sporazuma o pristupu Tužilaštva elektronskoj bazi podataka Tribunala. Na ovaj način ostvaren je uvid u preko 500.000 dokumenata i izjava svedoka u bazi podataka Tužilaštva MKTJ što je znatno povećalo efikasnost u postupanju TRZ.