Tužilaštvo za ratne zločine Republike Srbije smatra da je regionalna saradnja u oblasti ratnih zločina izuzetno bitna radi efikasnog procesuiranja svih osumnjičenih bez obzira u kojoj se državi oni nalaze. Međunarodni pravni okvir odnosno međunarodni ugovor o saradnji u krivičnim stvarima odavno je na bilateralnom nivou dopunjen memorandumima, a zatim i sporazumima, odnosno protokolima između tužilaštava država u regionu bivše Jugoslavije.
U budućem periodu, pored dosadašnjih oblika saradnje, predviđeno je unapređenje koordinisanja istraga zajedničkim istražnim timovima, poboljšanje nivoa razmene/ustupanja informacija i dokaza, redovnim sastancima.
Uspostavljanje regionalnih oficira za vezu predviđa razmenu oficira za vezu između država u regionu kako bi se još više unapredila regionalna saradnja i rad na rasvetljavanju neistraženih kršenja međunarodnog humanitarnog prava.
Akti o saradnji na nivou nacionalnih tužilaštava:
Ugovor o pravnoj pomoći u građanskim i krivičnim stvarima između SRJ i Republike Hrvatske (2001.godine).
Memorandum o saglasnosti u ostvarivanju i unapređenju saradnje u borbi protiv svih oblika teškog kriminala zaključen između Republičkog javnog tužilaštva i Tužilaštva za ratne zločine Republike Srbije i Državnog odvjetništva Republike Hrvatske (5. februara 2005. godine).
Sporazum o saradnji u progonu učinilaca krivičnih dela ratnih zločina, zločina protiv čovečnosti i genocida između TRZ i DORH (13. oktobar 2006.godine).
Memorandum o saglasnosti u ostvarivanju i unapređenju saradnje u borbi protiv svih oblika teškog kriminala zaključen između Republičkog javnog tužilaštva i Tužilaštva za ratne zločine Republike Srbije i Tužilaštva Bosne i Hercegovine (1.juli 2005.godine).
Protokol Tužilaštva Bosne i Hercegovine i Tužilaštva za ratne zločine Republike Srbije o saradnji u progonu počinilaca krivičnih dela ratnih zločina, zločina protiv čovečnosti i genocida (31.01.2013.godine u Briselu).
Sporazum o saradnji u krivičnom gonjenju učinilaca krivičnih dela protiv čovečnosti i drugih dobara zaštićenih međunarodnim pravom zaključen između Vrhovnog državnog tužioca Republike Crne Gore i Tužilaštva za ratne zločine Republike Srbije (31.10.2007.godine u Podgorici).
Okolnost da su učinioci van domašaja pravosudnog sistema Republike Srbije, ne znači pasivnost TRZ u ovim predmetima. Nakon što se prikupe svi dostupni dokazi, istraga se prekida do privođenja učinilaca, ili se dokazi ustupaju tužilaštvu države u regionu kojoj su učinioci dostupni, kako bi ono preduzelo krivično gonjenje.
TRZ takođe postupa po velikom broju zahteva za dostavljanje obaveštenja, podataka i dokumentacije koja upućuju tužilaštva iz regiona i Specijalno tužilaštvo EULEKS-a.
Jedan od najvažnijih činilaca uspeha sudskih postupaka protiv učinilaca ratnih zločina je omogućavanje pravnih okvira za regionalnu saradnju s obzirom da se žrtve, svedoci, počinioci i sama mesta zločina nalaze na teritorijama različitih država. Regionalna saradnja je i preduslov kako bi MKSJ ustupio slučajeve domaćim pravosudnim organima.
Ministarstvo pravde Republike Srbije zaključilo je u maju 2004. godine sa Misijom OEBS-a u SCG Memorandum o razumevanju. OEBS je tokom 2003. godine razvio Strategiju pružanja podrške u jačanju kapaciteta organa pravosuđa i policije u Republici Srbiji. Glavna komponenta Strategije je olakšavanje regionalne saradnje kako bi sprovelo krivično gonjenje lica odgovornih za ratne zločine u skladu sa međunarodno priznatim standardima.
Saradnja bi se ogledala u nesmetanoj razmeni dokaznog materijala i informacija u vezi sa istragama i operativnim planiranjem, zatim u pomoći prilikom prikupljanja dokaza i saslušanja svedoka, prebacivanju predmeta zavisno od toga kojim vlastima su dostupni počinioci zločina i dr. To bi konačno dovelo do usklađivanja sudske prakse u oblasti suđenja za ratne zločine.