Jedan od prioriteta Misije OEBS u Srbiji i Crnoj Gori je pružanje podrške u jačanju kapaciteta domaćih pravosudnih organa i policije za vođenje postupaka protiv počinilaca ratnih zločina. Takvo opredeljenje OEBS izraženo je i u Memorandumu o saradnji koji je Misija u maju 2004. godine zaključila sa Ministarstvom pravde Republike Srbije.
Misija OEBS podržava osnivanje i rad specijalizovanih pravosudnih institucija, pre svega Tužilaštva za ratne zločine na čelu sa nezavisnim Tužiocem kojeg bira parlament, i smatra postojanje takvih institucija jednim od uslova za vođenje sudskih postupaka protiv odgovornih za ratne zločine u skladu sa međunarodnim standardima, kao i dodatnom garancijom nezavisnosti pravosuđa u ovim osetljivim postupcima.
Praćenje suđenja za ratne zločine: Od početka 2003. godine, posmatrači OEBS redovno prate sva suđenja za ratne zločine koja se vode pred sudovima u Srbiji radi sticanja uvida da li se ona odvijaju u skladu sa međunarodno priznatim pravilima. Vršenje ove aktivnosti u okviru svog mandata, Misija OEBS zasniva i na redovnoj komunikaciji i saradnji sa Tužilaštvom.
Regionalna saradnja: Misija OEBS je inicirala niz aktivnosti usmerenih na unapređenje regionalne pravosudne saradnje u postupcima za ratne zločine, u trouglu Srbija i Crna Gora, Hrvatska, Bosna i Hercegovina. Među njima su najvažniji regionalni sastanci visokih predstavnika pravosuđa i nadležnih ministarstava čija svrha je razmatranje konkretnih vidova saradnje u postupcima za ratne zločine, poput unapređenja postojećih mehanizama prekogranične saradnje, pristupa svedocima, obezbeđivanja dokaza, razmene iskustava i sudske prakse. Prvi takav sastanak u organizaciji OEBS održan je u novembru 2004. godine na Paliću, a proces je nastavljen regionalnom konferencijom na Brionima (Hrvatska) u junu 2005.
Intenziviranje regionalnih kontakata doprinelo je uobličavanju konkretnih mehanizama za poboljšanje saradnje poput memoranduma koje su potpisali Tužilac za ratne zločine i Republički javni tužilac Republike Srbije sa državnim tužiocima Hrvatske i Bosne i Hercegovine, kao i rastućoj saradnji među tužilaštvima ovih država u konkretnim postupcima.
Stručno usavršavanje: Upoznavanje tužilaca i sudija sa normama međunarodnog humanitarnog prava, sudskom praksom međunarodnih krivičnih tribunala i istražnim tehnikama važan je doprinos vođenju efikasnih istraga i suđenja počiniocima ratnih zločina u skladu sa međunarodnim standardima. U martu 2004. godine organizovan je seminar o primeni komandne odgovornosti u suđenjima za ratne zločine na kome su učestvovali i predstavnici Tužilaštva. Misija je, počevši od decembra 2003. godine, za tužioce, istražne sudije i pripadnike policije organizovala niz kurseva, seminara, stručnih sastanaka i poseta, uključujuči i studijske posete Haškom tribunalu, u cilju proširivanja znanja i iskustava u vođenju istraga za ratne zločine i zaštiti svedoka.
Informisanje javnosti: Misija OEBS, uz pomoć donacije Vlade Holandije, vodi projekat usmeren na informisanje javnosti u Srbiji o suđenjima za ratne zločine pred domaćim sudovima, mandatu i radu Haškog tribunala, kao i drugim temama u vezi sa suočavanjem sa prošlošću i dolaženjem do istine i pravde kroz suđenja za ratne zločine. Tužilaštvo za ratne zločine je jedan od glavnih partnera i korisnika ovog projekta. U okviru projekta, proširena je služba Tužilaštva za informisanje javnosti, organizovan niz tribina i okruglih stolova i ostvarene druge aktivnosti usmerene na obaveštavanje javnosti i stvaranje podrške za sudsko kažnjavanje odgovornih za najteža zlodela počinjena tokom ratova u bivšoj Jugoslaviji. Deo takvih aktivnosti je i postavljanje veb sajta Tužilaštva za ratne zločine.
Zakonodavstvo: Zakon o nadležnosti i organizaciji državnih organa u postupku za ratne zločine, kojim je ustanovljeno Tužilaštvo za ratne zločine, izrađen je u prvoj polovini 2003. godine uz ekspertsku pomoć Misije OEBS. Kasnije amandmane na ovaj zakon, kao i nacrt novog Zakona o državnim organima i postupku za krivična dela protiv međunarodnog humanitarnog prava izradila je radna grupa Ministarstva pravde Republike Srbije uz logističku i stručnu pomoć Misije.