Један од приоритета Мисије ОЕБС у Србији и Црној Гори је пружање подршке у јачању капацитета домаћих правосудних органа и полиције за вођење поступака против починилаца ратних злочина. Такво опредељење ОЕБС изражено је и у Меморандуму о сарадњи који је Мисија у мају 2004. године закључила са Министарством правде Републике Србије.
Мисија ОЕБС подржава оснивање и рад специјализованих правосудних институција, пре свега Тужилаштва за ратне злочине на челу са независним Тужиоцем којег бира парламент, и сматра постојање таквих институција једним од услова за вођење судских поступака против одговорних за ратне злочине у складу са међународним стандардима, као и додатном гаранцијом независности правосуђа у овим осетљивим поступцима.
Праћење суђења за ратне злочине: Од почетка 2003. године, посматрачи ОЕБС редовно прате сва суђења за ратне злочине која се воде пред судовима у Србији ради стицања увида да ли се она одвијају у складу са међународно признатим правилима. Вршење ове активности у оквиру свог мандата, Мисија ОЕБС заснива и на редовној комуникацији и сарадњи са Тужилаштвом.
Регионална сарадња: Мисија ОЕБС је иницирала низ активности усмерених на унапређење регионалне правосудне сарадње у поступцима за ратне злочине, у троуглу Србија и Црна Гора, Хрватска, Босна и Херцеговина. Међу њима су најважнији регионални састанци високих представника правосуђа и надлежних министарстава чија сврха је разматрање конкретних видова сарадње у поступцима за ратне злочине, попут унапређења постојећих механизама прекограничне сарадње, приступа сведоцима, обезбеђивања доказа, размене искустава и судске праксе. Први такав састанак у организацији ОЕБС одржан је у новембру 2004. године на Палићу, а процес је настављен регионалном конференцијом на Брионима (Хрватска) у јуну 2005.
Интензивирање регионалних контаката допринело је уобличавању конкретних механизама за побољшање сарадње попут меморандума које су потписали Тужилац за ратне злочине и Републички јавни тужилац Републике Србије са државним тужиоцима Хрватске и Босне и Херцеговине, као и растућој сарадњи међу тужилаштвима ових држава у конкретним поступцима.
Стручно усавршавање: Упознавање тужилаца и судија са нормама међународног хуманитарног права, судском праксом међународних кривичних трибунала и истражним техникама важан је допринос вођењу ефикасних истрага и суђења починиоцима ратних злочина у складу са међународним стандардима. У марту 2004. године организован је семинар о примени командне одговорности у суђењима за ратне злочине на коме су учествовали и представници Тужилаштва. Мисија је, почевши од децембра 2003. године, за тужиоце, истражне судије и припаднике полиције организовала низ курсева, семинара, стручних састанака и посета, укључујучи и студијске посете Хашком трибуналу, у циљу проширивања знања и искустава у вођењу истрага за ратне злочине и заштити сведока.
Информисање јавности: Мисија ОЕБС, уз помоћ донације Владе Холандије, води пројекат усмерен на информисање јавности у Србији о суђењима за ратне злочине пред домаћим судовима, мандату и раду Хашког трибунала, као и другим темама у вези са суочавањем са прошлошћу и долажењем до истине и правде кроз суђења за ратне злочине. Тужилаштво за ратне злочине је један од главних партнера и корисника овог пројекта. У оквиру пројекта, проширена је служба Тужилаштва за информисање јавности, организован низ трибина и округлих столова и остварене друге активности усмерене на обавештавање јавности и стварање подршке за судско кажњавање одговорних за најтежа злодела почињена током ратова у бившој Југославији. Део таквих активности је и постављање веб сајта Тужилаштва за ратне злочине.
Законодавство: Закон о надлежности и организацији државних органа у поступку за ратне злочине, којим је установљено Тужилаштво за ратне злочине, израђен је у првој половини 2003. године уз експертску помоћ Мисије ОЕБС. Касније амандмане на овај закон, као и нацрт новог Закона о државним органима и поступку за кривична дела против међународног хуманитарног права израдила је радна група Министарства правде Републике Србије уз логистичку и стручну помоћ Мисије.