OEBS je u novembru 2004. godine organizovao na Paliću ekspertski sastanak o međudržavnoj saradnji u postupcima za krivična dela ratnih zločina na kom su prisustvovali predstavnici pravosudnih organa Bosne i Hercegovine, Hrvatske i Srbije i Crne Gore. Na sastanku se razmatrao Nacrt Memoranduma o sporazumevanju koji je predložio Državni tužilac Republika Hrvatske kao način poboljšanja direktne saradnje između Republičkog javnog tužilaštva i Tužilaštva za ratne zločine s jedne strane i Državnog odvjetništva Republike Hrvatske s druge strane.
Saradnju SCG sa Republikom Hrvatskom reguliše Evropska konvencija o međusobnom pružanju pravne pomoći u krivičnim stvarima koju je 2001. godine ratifikovala Skupština SRJ. Zaključen je i Ugovor o pravnoj pomoći u građanskim i krivičnim stvarima između SRJ i Republike Hrvatske. Međutim, u radu Tužilaštva pokazalo se da je potreban efikasniji vid saradnje, usko stručne, pa se razvila ideja o zaključivanju Sporazuma o saradnji.
Potreba za zaključivanjem ovakvog sporazuma ukazala se prilikom procesuiranja predmeta ratnog zločina protiv ratnih zarobljenika 1992. godine, na poljoprivrednom dobru «Ovčara» kod Vukovara. Svedoke u vezi ovog događaja saslušali su predsatavnici domaćih pravosudnih organa, uz veliku pomoć tužilaštva Republike Hrvatske.
Memorandum o saglasnosti u ostvarivanju i unapređenju saradnje u borbi protiv svih oblika teškog kriminala zaključen je 5. februara 2005. godine između Republičkog javnog tužilaštva i Tužilaštva za ratne zločine Republike Srbije i Državnog odvjetništva Republike Hrvatske.
Potpisivanjem ovog sporazuma uređen je proces razmene informacija između tužilaštava ove dve zemlje, između ostalog i u vezi sa krivičnim delima ratnih zločina. Ovim sporazumom obavezali smo se da ćemo međusobno razmenjivati obaveštenja, izveštaje, dokumente i informacije koji doprinose istraživanju ratnih zločina. Rezultat ovoga je i konkretna saradnja ovog tužilaštva sa Tužilaštvom iz Splita na rasvetljavanju ratnog zločina počinjenog u luci «Lora»kod Splita 1992. godine.
13. oktobar 2006. - Sporazum o saradnji u progonu učinilaca krivičnih dela ratnih zločina, zločina protiv čovečnosti i genocida - razmena dokaza, dokumenata i podataka koji će doprineti efikasnijem istraživanju, dokazivanju i kažnjavanju svih učinilaca krivičnih dela ratnih zločina.