Тужилаштво за ратне злочине Републике Србије сматра да је регионална сарадња у области ратних злочина изузетно битна ради ефикасног процесуирања свих осумњичених без обзира у којој се држави они налазе. Међународни правни оквир односно међународни уговор о сарадњи у кривичним стварима одавно је на билатералном нивоу допуњен меморандумима, а затим и споразумима, односно протоколима између тужилаштава држава у региону бивше Југославије.
У будућем периоду, поред досадашњих облика сарадње, предвиђено је унапређење координисања истрага заједничким истражним тимовима, побољшање нивоа размене/уступања информација и доказа, редовним састанцима.
Успостављање регионалних официра за везу предвиђа размену официра за везу између држава у региону како би се још више унапредила регионална сарадња и рад на расветљавању неистражених кршења међународног хуманитарног права.
Акти о сарадњи на нивоу националних тужилаштава:
Уговор о правној помоћи у грађанским и кривичним стварима између СРЈ и Републике Хрватске (2001.године).
Меморандум о сагласности у остваривању и унапређењу сарадње у борби против свих облика тешког криминала закључен између Републичког јавног тужилаштва и Тужилаштва за ратне злочине Републике Србије и Државног одвјетништва Републике Хрватске (5. фебруара 2005. године).
Споразум о сарадњи у прогону учинилаца кривичних дела ратних злочина, злочина против човечности и геноцида између ТРЗ и ДОРХ (13. октобар 2006.године).
Меморандум о сагласности у остваривању и унапређењу сарадње у борби против свих облика тешког криминала закључен између Републичког јавног тужилаштва и Тужилаштва за ратне злочине Републике Србије и Тужилаштва Босне и Херцеговине (1.јули 2005.године).
Протокол Тужилаштва Босне и Херцеговине и Тужилаштва за ратне злочине Републике Србије о сарадњи у прогону починилаца кривичних дела ратних злочина, злочина против човечности и геноцида (31.01.2013.године у Бриселу).
Споразум о сарадњи у кривичном гоњењу учинилаца кривичних дела против човечности и других добара заштићених међународним правом закључен између Врховног државног тужиоца Републике Црне Горе и Тужилаштва за ратне злочине Републике Србије (31.10.2007.године у Подгорици).
Околност да су учиниоци ван домашаја правосудног система Републике Србије, не значи пасивност ТРЗ у овим предметима. Након што се прикупе сви доступни докази, истрага се прекида до привођења учинилаца, или се докази уступају тужилаштву државе у региону којој су учиниоци доступни, како би оно предузело кривично гоњење.
ТРЗ такође поступа по великом броју захтева за достављање обавештења, података и документације која упућују тужилаштва из региона и Специјално тужилаштво ЕУЛЕКС-а.
Један од најважнијих чинилаца успеха судских поступака против учинилаца ратних злочина је омогућавање правних оквира за регионалну сарадњу с обзиром да се жртве, сведоци, починиоци и сама места злочина налазе на територијама различитих држава. Регионална сарадња је и предуслов како би МКСЈ уступио случајеве домаћим правосудним органима.
Министарство правде Републике Србије закључило је у мају 2004. године са Мисијом ОЕБС-а у СЦГ Меморандум о разумевању. ОЕБС је током 2003. године развио Стратегију пружања подршке у јачању капацитета органа правосуђа и полиције у Републици Србији. Главна компонента Стратегије је олакшавање регионалне сарадње како би спровело кривично гоњење лица одговорних за ратне злочине у складу са међународно признатим стандардима.
Сарадња би се огледала у несметаној размени доказног материјала и информација у вези са истрагама и оперативним планирањем, затим у помоћи приликом прикупљања доказа и саслушања сведока, пребацивању предмета зависно од тога којим властима су доступни починиоци злочина и др. То би коначно довело до усклађивања судске праксе у области суђења за ратне злочине.