Јавно тужилаштво за ратне злочине од свог оснивања посебну пажњу и значај придаје сарадњи са државама које су биле федералне јединице Социјалистичке Федеративне Републике Југославије, поводом чињенице да су се на територијама тих држава одиграли ратни сукоби. Циљ сарадње је ефикасно спровођење предистражних и кривичних поступака и привођење правди свих осумњичених и окривљених лица одговорних за извршене ратне злочине без обзира на држављанство, верску и етничку припадност и на то на којој се територији налазе, што је обавеза установљена законским прописима Републике Србије.
У оквиру регионалне сарадње Јавно тужилаштво за ратне злочине и тужилаштва тих држава примењују прописе о међународној правној помоћи, како националног тако и интернационалног карактера.
Ради ефикасније размене података, прибављања доказа и проналажења осумњичених, окривљених, оштећених и сведока, у оквиру сарадње примењују се, између осталих, следећи документи:
- Меморандум о сагласности у остваривању и унапређењу сарадње у борби против свих облика тешког криминала закључен између Републичког јавног тужилаштва и Тужилаштва за ратне злочине Републике Србије и Државног одвјетништва Републике Хрватске;
- Споразум о сарадњи у прогону учинилаца кривичних дела ратних злочина, злочина против човечности и геноцида између Тужилаштва за ратне злочине Републике Србије и Државног одвјетништва Републике Хрватске;
- Меморандум о сагласности у остваривању и унапређењу сарадње у борби против свих облика тешког криминала закључен између Републичког јавног тужилаштва и Тужилаштва за ратне злочине Републике Србије и Тужилаштва Босне и Херцеговине;
- Протокол Тужилаштва Босне и Херцеговине и Тужилаштва за ратне злочине Републике Србије о сарадњи у прогону починилаца кривичних дела ратних злочина, злочина против човечности и геноцида;
- Споразум о сарадњи у кривичном гоњењу учинилаца кривичних дела против човечности и других добара заштићених међународним правом закључен између Врховног државног тужиоца Републике Црне Горе и Тужилаштва за ратне злочине Републике Србије.