ОЕБС је у новембру 2004. године организовао на Палићу експертски састанак о међудржавној сарадњи у поступцима за кривична дела ратних злочина на ком су присуствовали представници правосудних органа Босне и Херцеговине, Хрватске и Србије и Црне Горе. На састанку се разматрао Нацрт Меморандума о споразумевању који је предложио Државни тужилац Република Хрватске као начин побољшања директне сарадње између Републичког јавног тужилаштва и Тужилаштва за ратне злочине с једне стране и Државног одвјетништва Републике Хрватске с друге стране.
Сарадњу СЦГ са Републиком Хрватском регулише Европска конвенција о међусобном пружању правне помоћи у кривичним стварима коју је 2001. године ратификовала Скупштина СРЈ. Закључен је и Уговор о правној помоћи у грађанским и кривичним стварима између СРЈ и Републике Хрватске. Међутим, у раду Тужилаштва показало се да је потребан ефикаснији вид сарадње, уско стручне, па се развила идеја о закључивању Споразума о сарадњи.
Потреба за закључивањем оваквог споразума указала се приликом процесуирања предмета ратног злочина против ратних заробљеника 1992. године, на пољопривредном добру «Овчара» код Вуковара. Сведоке у вези овог догађаја саслушали су предсатавници домаћих правосудних органа, уз велику помоћ тужилаштва Републике Хрватске.
Меморандум о сагласности у остваривању и унапређењу сарадње у борби против свих облика тешког криминала закључен је 5. фебруара 2005. године између Републичког јавног тужилаштва и Тужилаштва за ратне злочине Републике Србије и Државног одвјетништва Републике Хрватске.
Потписивањем овог споразума уређен је процес размене информација између тужилаштава ове две земље, између осталог и у вези са кривичним делима ратних злочина. Овим споразумом обавезали смо се да ћемо међусобно размењивати обавештења, извештаје, документе и информације који доприносе истраживању ратних злочина. Резултат овога је и конкретна сарадња овог тужилаштва са Тужилаштвом из Сплита на расветљавању ратног злочина почињеног у луци «Лора»код Сплита 1992. године.
13. октобар 2006. - Споразум о сарадњи у прогону учинилаца кривичних дела ратних злочина, злочина против човечности и геноцида - размена доказа, докумената и података који ће допринети ефикаснијем истраживању, доказивању и кажњавању свих учинилаца кривичних дела ратних злочина.