Tužilaštvo za ratne zločine ostvaruje aktivnu, profesionalnu saradnju sa respektabilnim domaćim i međunarodnim nevladinim organizacijama koje deluju u oblasti ljudskih prava, posebno masovnih kršenja ljudskih prava i suočavanja sa prošlošću.
Saradnja se prioritetno odvija u domenu ustupanja informacija i dokumentacije iz arhiva ovih udruženja, kao i u pružanju pomoći Tužilaštvu pri pronalasku i ostvarivanju kontakata sa svedocima.
Tužilaštvo za ratne zločine sarađuje sa nevladinim sektorom koji svojim aktivnostima pruža podršku radu Tužilaštva i daje značajan doprinos upoznavanju šire javnosti o slučajevima koje Tužilaštvo vodi.
Nevladine organizacije prate suđenja za ratne zločine pred Posebnim odeljenjem za ratne zločine Višeg suda u Beogradu, o njima priređuju izveštaje i analize. Kroz podršku projektu monitoringa Misije OEBS-a, Delegacija EU u Srbiji finansira projekat "Podrška praćenju domaćih suđenja za ratne zločine", u kom učestvuju predstavnici Fonda za humanitarno pravo i Beogradskog centra za ljudska prava
Organizuju i učestvuju na javnim tribinama o procesuiranju ratnih zločina pred domaćim sudovima, istražuju javno mnjenje o stavovima koja se tiču procesuiranja ratnih zločina.
Saradnja se odvija i u domenu stručnog usavršavanja i razmene iskustava kroz zajedničko organizovanje seminara, savetovanja, konferencija i treninga, kao i kroz izradu stručnih publikacija.
U predstojećem periodu Tužilaštvo će intenzivirati saradnju sa nevladinim organizacijama i medijima kako bi učvrstilo mrežu podrške krivičnom progonu osumnjičenih za ratne zločine.
Tužilaštvo za ratne zločine sarađuje sa