Тужилаштво за ратне злочине остварује активну, професионалну сарадњу са респектабилним домаћим и међународним невладиним организацијама које делују у области људских права, посебно масовних кршења људских права и суочавања са прошлошћу.
Сарадња се приоритетно одвија у домену уступања информација и документације из архива ових удружења, као и у пружању помоћи Тужилаштву при проналаску и остваривању контаката са сведоцима.
Тужилаштво за ратне злочине сарађује са невладиним сектором који својим активностима пружа подршку раду Тужилаштва и даје значајан допринос упознавању шире јавности о случајевима које Тужилаштво води.
Невладине организације прате суђења за ратне злочине пред Посебним одељењем за ратне злочине Вишег суда у Београду, о њима приређују извештаје и анализе. Кроз подршку пројекту мониторинга Мисије ОЕБС-а, Делегација ЕУ у Србији финансира пројекат "Подршка праћењу домаћих суђења за ратне злочине", у ком учествују представници Фонда за хуманитарно право и Београдског центра за људска права
Организују и учествују на јавним трибинама о процесуирању ратних злочина пред домаћим судовима, истражују јавно мњење о ставовима која се тичу процесуирања ратних злочина.
Сарадња се одвија и у домену стручног усавршавања и размене искустава кроз заједничко организовање семинара, саветовања, конференција и тренинга, као и кроз израду стручних публикација.
У предстојећем периоду Тужилаштво ће интензивирати сарадњу са невладиним организацијама и медијима како би учврстило мрежу подршке кривичном прогону осумњичених за ратне злочине.
Тужилаштво за ратне злочине сарађује са