У оквиру међународне сарадње, Јавно тужилаштво за ратне злочине најзначајније контакте остварује са Међународним резидуалним механизмом за кривичне судове (МРМКС), као организацијом установљеном од стране Уједињених нација, која је, након окончања мандата Међународног кривичног суда за бившу Југославију (МКСЈ) 31.12.2017. године, наставила да примењује део надлежности МКСЈ. Поред ове организације Уједињених нација, јавно тужилаштво сарађује и са Програмом за развој Уједињених нација (УНДП), Мисијом Европске владавине права на Косову (ЕУЛЕКС), Организацијом за европску безбедност и сарадњу (ОЕБС), Делегацијом Европске уније у Србији, Канцеларијом за демократске институције и људска права (ОДИХР), дипломатским представништвима страних држава које кроз различите стручне програме подржавају рад правосудних органа Републике Србије у циљу постизања међународних стандарда.