Јавно тужилаштво за ратне злочине сарађује са домаћим и међународним невладиним организацијама које се баве питањима људских права, међународним хуманитарним правом, трагањем за несталим лицима и праћењем поступака који се пред домаћим правосудним органима воде због кривичних дела против човечности и других добара заштићених међународним правом. Невладине организације су извор информација и документа до којих долазе кроз свој рад, као и информација о лицима која могу бити потенцијални сведоци у кривичним поступцима. Сарадња се одвија и кроз заједничко учешће на семинарима, саветовањима, конференцијама и обукама, као и кроз израду стручних публикација. Неке од невладиних организацијама са којима Јавно тужилаштво за ратне злочине остварује сарадњу су удружења која се баве питањем проналаска киднапованих, несталих и убијених лица на територији Републике Хрватске, Босне и Херцеговине и Косова и Метохије, удружења новинара, Документационо информациони центар "Веритас", Фонд за хуманитарно право, Београдски центар за људска права, Human Rights Watch, Amnesty International и друге.