Značajan deo kapaciteta Tužilaštva za ratne zločine angažovan je za potrebe sprovođenja međunarodne istrage Specijalnog istražnog tima Evropske unije. Specijalni istražni tim radi pod upravom Misije EULEKS, a obrazovan je sa ciljem da sprovede nezavisnu istragu o ratnim zločinima i organizovanom kriminalu i svim zločinima sa njima povezanim, a prema navodima sadržanim u izveštaju senatora Dika Martija iz 2011. godine.
TRZ po zahtevima, ali i samoinicijativno koordinira ispitivanje svedoka, pruža potrebna obaveštenja, ustupa informacije i dokumentaciju, posreduje u saradnji SIT i državnih institucija i tela. Predstavnici TRZ i SIT organizuju periodične sastanke na kojima se usmerava dalji tok saradnje, a kojima po potrebi, prisustvuju predstavnici MUP-a i drugih relevantnih državnih organa.
S obzirom da lokalne vlasti na AP Kosovu i Metohiji postepeno preuzimaju nadležnost EULEKS-a, bilo je neophodno definisati načine i oblike saradnje sa pravosudniim organima na Kosovu i Metohiji. Iz tog razloga, Vlada RS usvojila je zaključkom od 07. marta 2013. godine, Procedure uzajamne pravne pomoći, predviđene Tehičkim protokolom za implementaciju o IBM-u, a čiji je cilj olakšanje postupanja po zahtevima za uzajamnu pravnu pomoć sa privremenim institucijama Kosova. Navedenim procedurama predviđa se pružanje uzajamne pravne pomoći samo u pogledu njenih opštih vidova (dostavljanje i uručivanje akata, dokumenata, razmena obaveštenja, izvođenje procesnih radnji).
Procedure predviđaju da EULEKS deluje kao posrednik u saradnji između TRZ i privremenih institucija Kosova, olakšava komunikaciju prenošenjem zahteva za uzajamnu pravnu pomoć i odgovora na zahtev.