Значајан део капацитета Тужилаштва за ратне злочине ангажован је за потребе спровођења међународне истраге Специјалног истражног тима Европске уније. Специјални истражни тим ради под управом Мисије ЕУЛЕКС, а образован је са циљем да спроведе независну истрагу о ратним злочинима и организованом криминалу и свим злочинима са њима повезаним, а према наводима садржаним у извештају сенатора Дика Мартија из 2011. године.
ТРЗ по захтевима, али и самоиницијативно координира испитивање сведока, пружа потребна обавештења, уступа информације и документацију, посредује у сарадњи СИТ и државних институција и тела. Представници ТРЗ и СИТ организују периодичне састанке на којима се усмерава даљи ток сарадње, а којима по потреби, присуствују представници МУП-а и других релевантних државних органа.
С обзиром да локалне власти на АП Косову и Метохији постепено преузимају надлежност ЕУЛЕКС-а, било је неопходно дефинисати начине и облике сарадње са правосудниим органима на Косову и Метохији. Из тог разлога, Влада РС усвојила је закључком од 07. марта 2013. године, Процедуре узајамне правне помоћи, предвиђене Техичким протоколом за имплементацију о ИБМ-у, а чији је циљ олакшање поступања по захтевима за узајамну правну помоћ са привременим институцијама Косова. Наведеним процедурама предвиђа се пружање узајамне правне помоћи само у погледу њених општих видова (достављање и уручивање аката, докумената, размена обавештења, извођење процесних радњи).
Процедуре предвиђају да ЕУЛЕКС делује као посредник у сарадњи између ТРЗ и привремених институција Косова, олакшава комуникацију преношењем захтева за узајамну правну помоћ и одговора на захтев.