Рад Јавног тужилаштва за ратне злочине заснива се на унутрашњем законодавству и међународноправним актима.
Чланом 2 Закона о организацији и надлежности државних органа у поступку за ратне злочине одређено је да је ово јавно тужилаштво надлежно да поступа у предметима кривичних дела:
За последње наведено кривично дело, надлежност овог јавног тужилаштва установљена је Законом о изменама и допунама Закона о организацији и надлежности државних органа у поступку за ратне злочине који је објављен у „Службеном гласнику Републике Србије“ бр.101/07 дана 06.11.2007. године.
Надлежност овог јавног тужилаштва обухвата поступање у смислу заступања оптужбе пред надлежним судовима у првом степену, као и поводом уложеног правног лека у другом степену, али и поступање везано за улагање ванредних правних лекова.
Одредбом члана 2. став 1. тачке 9. Закона о одузимању имовине проистекле из кривичног дела („Сл.гласник РС“, бр.32/2013) прописано је поступање Тужилаштва за ратне злочине (сада Јавног тужилаштва за ратне злочине) уколико је реч о кривичним делима против човечности и других добара заштићених међународним уговором.
Још једна посебност овог јавног тужилаштва огледа се у томе што је оно надлежно да поступа против починилаца кривичних дела која су извршена на територији бивше СФРЈ, без обзира на држављанство починиоца или жртве.
Сви државни органи дужни су да Тужилаштву пруже потребну помоћ, нарочито уколико је то везано за кривични поступак или се, пак, ради о откривању кривичних дела и проналажењу учиниоца. У том смислу, државни органи су дужни да: